基孔肯雅病毒对热敏感，56℃30分钟可灭活；不耐酸，70％乙醇、1％次氯酸钠、脂溶剂、过氧乙酸、甲醛、戊二醛、酚类、碘伏和季铵盐化合物等消毒剂及紫外照射可灭活。